Die Stadt Arnis und einstige Insel liegt an dem 42 km langen Gewässer Schlei, welches als glaziale Rinne der letzten Kaltzeit geformt wurde und mit der Ostsee verbunden ist. Die Schlei liegt eingebettet in der sanft hügeligen Landschaft, dem östlichen Hügelland.

Geprägt durch Süßwasserzuflüsse im Binnenland und durch den Austausch mit dem salzigen Ostseewasser ist die Schlei ein Brackgewässer. Diese besondere Eigenschaft prägt die Tier- und Pflanzenwelt rund um Arnis. Unterschiedliche Lebensräume wie Salzwiesen, Niedermoore, Feuchtwiesen und Knicks ermöglichen eine hohe Artenvielfalt.

Die Schlei ist als Natura 2000 Gebiet ausgewiesen. Als Schutzgebiet sollen damit die hier heimischen, wildlebenden Tier- und Pflanzenarten in ihren natürlichen Lebensräumen geschützt werden.

Naturschutz spielt auch in Arnis eine wichtige Rolle. Als Beitrag zum Erhalt der Biodiversität wurde eine Blühwiese, gefördert durch „SH blüht auf“, am ehemaligen Sportplatz angelegt. Zudem wurden im Rathausgarten, auf dem Timmermansplatz und am Spielplatz Obstbäume gepflanzt.

Das größte Naturschutzprojekt stellt das Beweidungsprojekt dar. Hier werden 6 Hektar extensiv beweidet, um ein artenreiches Feuchtgrünland wiederherzustellen.