Arnis liegt auf einer Halbinsel in der Schlei. Bis zur Besiedelung war die Insel fast unbewohnt und zum größten Teil bewaldet. Der dänische König Erich der Pommer soll eine bis dahin existierende Landverbindung 1415 durchstochen haben, so dass Arnis eine Insel wurde. Dies blieb sie bis zur erneuten Anbindung an das Festland.

Als der Kappelner Gerichts- und Kirchenherr Detlef von Rumohr von den Einwohnern des Fleckens den Lehnseid verlangte, waren 65 Familien nicht bereit, diesen zu leisten. Weil das aber bedeutete, dass sie nicht weiter in Kappeln bleiben konnten, ersuchten sie Herzog Christian Albrecht, ihnen die Insel Arnis zur Besiedelung zu überlassen. Die abtrünnigen Kappelner Bürger bekamen die Erlaubnis, sich auf der Insel anzusiedeln. Heute befindet sich die Urkunde darüber im Landesarchiv in Schleswig.

So wurde 1667 Arnis gegründet, die Insel gerodet und planmäßig bebaut. Eines der ersten Gebäude war die Schifferkirche. Von den damals errichteten Häusern sind nur noch einige im Urzustand vorhanden, vor allem das Haus Lange Strasse 13, das aus dem Jahre 1712 stammt. Doch die Anlage des Ortes mit der Langen Strasse, die von einem Ende der Stadt zum anderen führt, und den langen, schmalen Grundstücken hinter den Häusern, die bis an die Schlei reichen, zeigt auch heute noch das Bild aus den Gründertagen.

Mehr als 100 Jahre später, im Jahre 1796, wurde wieder eine Verbindung zum Festland hergestellt, der Alte Damm wurde gebaut. Er verbindet den Kirchberg mit Grödersby. Es wird erzählt, dass der Sand zum Bau des Dammes aus Kopenhagen stammt. Er wurde nämlich von den Schiffern, die ihre Handelware dort verkauften, als Ballast mitgebracht.

Im 18. Jahrhundert war Arnis ein nicht unbedeutender Handelsort. Von hier aus wurden Waren nach Skandinavien und in den ganzen Ostseebereich verhandelt. Die Napoleonischen Kriege brachten Arnis neben einer Besetzung durch französische Truppen auch den Verlust etlicher Handelsschiffe, wovon die Stadt sich aber bis 1830 schon wieder erholte.

Den Höhepunkt seiner Bedeutung als Schifffahrtsstandort und als regionaler Marktplatz erlebte Arnis in den Jahren von 1840 bis 1870. 1860 hatte Arnis über 1000 Einwohner. 88 Schiffe war hier beheimatet.

Der Deutsch-Dänische Krieg 1864 brachte Arnis zuerst Einquartierungen dänischer Truppen und schließlich den Brückenschlag zwischen Sundsacker und Arnis durch preußische Pioniere. Mit dem Ausgang des Krieges wurde der Handel mit Skandinavien schwieriger. 1868 bauten die Arnisser einen zweiten Damm zwischen Grödersby und Arnis, den Neuen Damm. Das Land zwischen den beiden Dämmen wurde trockengelegt, ist aber auch heute noch sumpfig. Der Niedergang der Schifffahrt setzte nach1873 mit dem starken Aufkommen der Dampfschiffe in der Ostsee ein. Die Bevölkerungszahl sank. In diesen Jahren erhielt die Fischerei eine größere Bedeutung.

Anfang des 20. Jahrhunderts begannen die Arnisser, Besucher und Sommerfrischler zu werben. Ein aufwendiger Prospekt wurde gedruckt, der die Stadt bildlich in die Nähe Venedigs rückte, aber auch überaus wertvolle Informationen enthielt, wie man mit Schiff und Bahn den Ort erreichen konnte und wer Quartier zu welchen Preisen und welcher Ausstattung anbot.

1934 wurde Arnis Stadt, bis dahin hatte es die eingeschränkte Selbstverwaltung eines „Fleckens”. Arnis profitierte von einer nationalsozialistischen Änderung der Gemeindeverfassung. Zwar wurden auch in Arnis ab 1934 die Gemeindevertreter nicht mehr frei gewählt. Weil aber der Ort durch die bauliche Struktur und die von Werften und Tourismus bestimmten Wirtschaft städtische Eigenschaften aufwies, erhielt es vom preußischen Innenministerium das Stadtrecht. Durch einen glücklichen Zufall wurde der Stadt im selben Jahr das frühere „Klinckenhus“ (s.u.) von der „Matthias und Maria Hübsch Stiftung“ vermacht. Seitdem beherbergt es das Rathaus von Arnis. Heute ist Arnis die kleinste Deutschlands und zählt zu den kleinsten Städten weltweit.

Mit dem Ende des 2. Weltkrieges füllte sich die Stadt wieder, diesmal mit Flüchtlingen, so dass sie fast aus den Nähten platzte. Manche Häuser, die für eine Familie ausgelegt waren, wurden nun von zwei bis drei Familien bewohnt. Heute hat sich die Einwohnerzahl bei etwas über 300 eingependelt. Neben alteingesessenen Familien und ehemaligen Flüchtlingen sind in den letzten Jahren Familien zugezogen, die die Idylle in Schleinähe schätzen.